A causa de la prematura muerte de su padre, comenzó a trabajar a temprana edad, colaborando con distintas editoriales. Viajó a París para estudiar teatro y a su regreso publicó su primer libro, Escenarios fantásticos (1979), que consiguió el Premio de la CCEI. Después, su libro El misterio de la isla de Tökland (1981) que había obtenido el Premio Lazarillo de creación literaria en su edición de 1980, figuró en la Lista de Honor del Premio Andersen.

Su siguiente obra, Leyendas del planeta Thamyris (1982), fue declarada en 1983 Libro de Interés Infantil por el Ministerio de Cultura. Con El museo de los sueños (1984) obtuvo el Premio Nacional de Literatura Infantil y Juvenil.​ Por La noche del eclipse (1990) fue galardonado con el premio Gran Angular. La voz de madrugada recibió el premio Edebé en 1995. También ha conseguido en dos ocasiones el premio Barco de Vapor, en 1991 con El misterio de la mujer autómata, y en 2001 con El mensaje de los pájaros, además de otros premios y distinciones de ámbito internacional.

Joan Manuel Gisbert trabajó como asesor en el mundo editorial. En la actualidad imparte cursos sobre la imaginación fantástica y participa en jornadas y encuentros de literatura infantil y juvenil y sobre los temas del arte fantástico. Realiza encuentros con lectores en bibliotecas, centros educativos y ateneos culturales de diversos países. Ha creado también guiones para televisión (Misteri para TVE de Cataluña. En sus obras, Gisbert desarrolla aventuras que parten de la vida real, de la que también forman parte los sueños y los contenidos de la imaginación, para adentrarse en las zonas desconocidas de la realidad, sin descuidar nunca la dimensión artística de la escritura ni la riqueza expresiva del lenguaje. Lo inaudito y lo extraordinario aparece en sus obras como el revés de la trama de la vida, como una extensión de los ámbitos de la experiencia humana, más allá de lo aparente y lo cotidiano. En sus textos para sus lectores más jóvenes, a este autor le gusta desarrollar historias inspiradas en elementos temáticos de mitos, cuentos y leyendas de todos los tiempos, a través de nuevos relatos de su creación, con su particular atmósfera de encanto, aventura, misterio, sortilegio y descubrimiento.

Es socio de la ACEC y perteneció a su Junta Directiva