Nació en Ibahernando, un pequeño municipio de la provincia de Cáceres, Extremadura. En 1966, a los cuatro años de edad, se trasladó con su familia a Gerona. Hasta los quince años viajó todos los veranos a su pueblo natal, manteniendo con Ibahernando una estrecha relación que mantiene hasta la actualidad.

En 1985 se licenció en Filología hispánica en la Universidad Autónoma de Barcelona10​ y más tarde se doctoró en la misma especialidad en la Universidad de Barcelona.Trabajó durante dos años en la Universidad de Illinois en Urbana, época en que escribió su primera novela. Desde 1989 comenzó a ejercer como profesor de literatura española en la Universidad de Gerona, y trabajó escribiendo artículos y reseñas para diversos periódicos. Hasta la actualidad es colaborador habitual de la edición catalana y del suplemento dominical del diario El País.

Luego de vivir varios años en Barcelona, Cercas regresó con su esposa y su hijo a Gerona en 1999. Hasta el año 2000, Javier Cercas era un escritor muy poco conocido. Esto se aprecia en el hecho que en una antología de autores españoles publicada ese año, titulada Páginas amarillas, es excluido de una lista de varios escritores de su misma generación. Pese a lo anterior, su amigo, el reconocido escritor chileno Roberto Bolaño, reconocía en él a un escritor talentoso y lo estimuló a continuar escribiendo.

En la actualidad su obra ha sido traducida a más de veinte lenguas. Por su parte él mismo ha traducido a autores catalanes contemporáneos y a H. G. Wells.

Para Cercas, el rol del articulista es casi opuesto al rol del novelista, si bien una misma persona puede ser capaz de ejercer ambos sin problemas.

Por Soldados de Salamina

Premio Salambó de Narrativa 2001

Premio Qué Leer

Premio Crisol

Premio Llibreter

Premio Cálamo 2001

The Independent Foreign Fiction Prize (Reino Unido)

Premio Grinzane Cavour (Italia)

Premio de la Crítica de Chile (Chile)

Premi Ciutat de Barcelona

Premio Ciudad de Cartagena

Medalla de Extremadura 2005

Por La velocidad de la luz

Premio Arzobispo Juan de San Clemente

Cartelera Turia

Athens Prize for Literature

Por Anatomía de un instante

Premio Nacional de Narrativa 2010

Premio Internacional Terenci Moix 2010

Premio Mondello 2011 (Italia)

Por Las leyes de la frontera

Premio Mandarache 2014

Por Terra Alta

Premio Planeta

Grinzane Cavour de narrativa 

Premio de la Crítica de Chile

Prix Jean Monnet

Premio Fundación Fernando Lara

Premio Internazionale del Salone del Libro di Torino 2011

Premio Lara de la prensa especializada39​

Premio de Periodismo Francisco Cerecedo 2019​